Luigi Varratta ha conseguito nel 1976 la laurea in giurisprudenza presso l'Università di Bari e successivamente l'abilitazione all'esercizio della professione forense. Dopo aver vinto il concorso per commissario di pubblica sicurezza, ha lavorato alle Questure di Milano e Pavia. Entrato nel 1981 nell'Amministrazione Civile del Ministero dell''Interno, è stato destinato prima alla Commissione di Coordinamento di Aosta e successivamente alla Prefettura di Matera e poi a quella di Bari dove dal 1° febbraio del 2006 ha svolto le funzioni di viceprefetto vicario. Nel corso degli anni ha ricoperto numerosi incarichi: è stato componente del comitato consultivo della Fiera del Levante di Bari, presidente della sezione del collegio arbitrale di disciplina dell'Università degli Studi del capoluogo pugliese, consulente della Procura della Repubblica in procedimenti penali, commissario ad acta per conto del TAR Puglia e del Consiglio di Stato, membro del collegio dei revisori della USL BA/lO. Intensa è stata l'attività come commissario straordinario in numerosi comuni della provincia di Bari (Capurso, Modugno, Bitritto, Mola di Bari, Noci, Putignano, Altamura) e per due volte anche a Francavilla Fontana in provincia di Brindisi. E' stato, inoltre, componente della commissione straordinaria del comune di Terlizzi nel barese, sciolto per infiltrazioni mafiose. Dal settembre 2008 ha guidato la prefettura di Crotone, sua prima sede come prefetto, e dal dicembre 2009 quella di Reggio Calabria. Dal 2 aprile 2012 è prefetto di Firenze.