Mariano Cherubini è stato docente presso l'Università degli Studi di Trieste, dove ha tenuto corsi di Chirurgia sperimentale, Fisiopatologia chirurgica, Chirurgia geriatrica e di Semeiotica e metodologia chirurgica; è inoltre stato nominato docente presso numerose Scuole di Specializzazioni in Chirurgia.
Ha svolto attività assistenziali presso la Clinica Chirurgica dell'Università di Trieste ed ha raggiunto l'idoneità Primariale in Chirurgia a Roma, a seguito di concorso nazionale.
Ha sviluppato un'organizzazione deospedalizzante, rivolta alla diagnosi precoce dei tumori, all'attività operatoria in Day Surgery ed al follow-up del paziente chirurgico. È membro di società nazionali ed internazionali di chirurgia, tra le quali l’ISDE – Associazione Medici per l'Ambiente, ove si occupa di carcinogeni ambientali e dei loro effetti, ed il CIPUR Medicina, ove si occupa dei problemi organizzativi riferiti alle strutture sanitarie.
Ha raggiunto la quiescenza nel 2008, continuando attivamente l'impegno di ricerca in ambito chirurgico.
È autore di oltre 240 pubblicazioni, alcune facenti parte di volumi di chirurgia.
