Franco Flandoli si è laureato in Matematica presso l’Università degli Studi di Pisa e diplomato presso la Scuola Normale Superiore di Pisa nel 1982.
È stato ricercatore presso l'Università degli Studi di Torino, professore associato presso l'Università degli Studi di Torino, la Scuola Normale Superiore di Pisa e l'Università degli Studi di Pisa, dove attualmente è professore ordinario.