Jean-Marie Mate Musivi Mupendawatu è nato a Lubero, Regione di Nord-Kivu (Zaire), il 18 luglio 1955. Ha frequentato il Seminario Minore diocesano di Musienene, quello filosofico e teologico Pio X di Bukavu e quello Universitario Giovanni Paolo II di Kinshasa.
È stato ordinato sacerdote il 26 agosto 1982 per la diocesi di Butembo-Beni (Repubblica Democratica del Congo). È stato Professore nel Seminario Minore diocesano di Musienene e Rettore dello stesso (1982-1985); ha esercitato il ministero di Sostituto Cappellano in Canada, presso il Centre Hospitalier de Verdun ed il Centro per anziani Hôtel-Dieu de Montréal.
Dal 1985 al 1989 ha completato gli studi presso la Pontificia Università Urbaniana, dove ha conseguito la licenza e il dottorato in Diritto Canonico. Il 1º aprile 1991 ha iniziato il suo servizio alla Santa Sede come Officiale del Pontificio Consiglio per gli Operatori Sanitari; il 31 luglio 2009 il Santo Padre lo ha nominato Sotto-Segretario del medesimo Dicastero. Dal 14 luglio 2011 è Segretario del medesimo dicastero.
È Membro del Consiglio Direttivo della Pontificia Accademia per la Vita. È autore di diverse pubblicazioni concernenti soprattutto tematiche di bioetica.
