Francesco Pegoraro ha conseguito la laurea in Fisica presso l'Università di Pisa nel 1970 e il perfezionamento in Fisica (PhD) presso la Scuola Normale Superiore nel 1974. Dopo un periodo di due anni trascorso al Massachusetts Institute of Techology (MIT) di Boston, è diventato prima assistente (1977–1983) e poi professore associato di Fisica dei plasmi presso la Scuola Normale Superiore di Pisa. Dal 1987 al 1989 è stato Group Leader della Theory Division al Jet Joint European Torus, Culham, Abingdon (UK), e nel 1989 ha vinto il concorso per professore ordinario di Fisica teorica ed è stato chiamato dal Dipartimento di Fisica teorica dell'Università degli Studi di Torino dove ha insegnato dal novembre 1990 all'ottobre1996. Dal 1996 al 2017 ha insegnato in qualità di professore ordinario di Fisica del plasma presso l'Università di Pisa. Attualmente mantiene la sua collaborazione didattica e di ricerca con l' Università di Pisa. Nel 2006 è stato nominato professore onorario al Moscow Physical Technical Institute di Russia e nel 2008 è stato nominato Socio corrispondente dell'Accademia dei Lincei. È autore o coautore di più di trecento articoli scientifici su riviste internazionali.
