Maria Bonaiti è nata a Padova il 25 novembre 1963. Si laurea in Architettura presso l'Istituto Universitario di Architettura di Venezia, a. a. 1989/90, dove nel febbraio 1997 conclude il suo dottorato di ricerca in Storia dell'Architettura e dell'Urbanistica. Attualmente è professore associato confermato del Settore scientifico disciplinare ICAR/18 “Storia dell’Architettura” presso l’Università IuaV di Venezia, Dipartimento Cultura del Progetto. Membro del Collegio dei docenti del Dottorato di ricerca in Storia dell’architettura, Scuola di dottorato Iuav, Maria Bonaiti è invitata a tenere cicli di lezioni e conferenze presso diverse università e istituzioni, ha partecipato a progetti di ricerca nazionali, ha svolto i suoi studi presso archivi nazionali e internazionali, quali la Fondation Le Corbusier a Parigi e la Kahn Collection della University of Pennsylvania a Philadelphia.
