Andrea Santini è professore associato presso la Facoltà di Scienze Politiche e Sociali dell'Università Cattolica del Sacro Cuore, dove tiene gli insegnamenti di Diritto internazionale, Diritto dell'Unione europea e Diritto delle politiche europee ed è uno dei due coordinatori del Corso di Laurea in Scienze Politiche e delle Relazioni Internazionali.
Dopo la Laurea in Scienze Politiche, indirizzo politico-internazionale, nell'Università Cattolica nel 1993, ha conseguito la Specializzazione in Diritto ed Economia delle Comunità europee nell'Università degli Studi di Milano (1997) e il Dottorato di ricerca in Diritto delle Comunità europee presso l'Università degli Studi di Trieste (2002).
È membro del Collegio dei docenti e coordinatore dell'attività didattica dell'area giuridica della Scuola di Dottorato in Istituzioni e Politiche, istituita presso l'Università Cattolica.