Nicola Zaccagnino si è laureato in Scienza della politica presso l’Università degli Studi di Trieste, con una tesi in Diritto costituzionale italiano e comparato intitolata Political representation and electoral rights in the Macau and Hong Kong experience. In seguito è stato ammesso al master universitario di secondo livello Management, innovazione e ingegneria dei servizi della Scuola Superiore Sant’Anna di Studi Universitari e di Perfezionamento.