Gli interessi principali di Francisco Lobera sono la poesia spagnola e ispanoamericana, in particolare nei momenti cruciali della loro storia, Rinascimento, Barocco e Novecento e la critica testuale applicata soprattutto ai testi medievali. Altro settore di cui si è occupato è quello delle cronache coloniali americane, con speciale riguardo ai problemi dell’Evangelizzazione e delle Missioni. Ha inoltre curato la traduzione di testi letterari.