Andrea Brugnoli si è laureato in Scienze Statistiche ed economiche nel 1971 presso l'università degli Studi di Bologna ed è professore associato dal 1987 (confermato dal 1990) nella Facoltà di Agraria e attualmente, membro del Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agroalimentatari (Distal) dell'Università di Bologna. Ricopre gli insegnamenti di Economia agraria (C.L. Produzione Animale e Controllo della Fauna Selvatica) e Statistica economica del sistema agroindustriale (C.L. Economia e Marketing del Sistema Agro-industriale).
L'attività scientifica nel periodo 1995 -2010 è rivolta ad approfondire i seguenti temi: la dinamica degli investimenti in stalle per bovini, la domanda di prodotti lattiero-caseari, il fenomeno infortunistico e la sicurezza sul lavoro nel settore agroalimentare, le caratteristiche strutturali delle imprese agrozootecniche in Italia e nella Ue, i sistemi agroalimentari locali e l'applicazione dei nuovi conti economici (SEC 95) all'agricoltura. Nel 2008-2010, al fine di analizzare il ruolo potenziale della filiera corta nello sviluppo rurale, ha svolto un'indagine sul mercato di nicchia del latte crudo venduto tramite distributori automatici.
Nel quinquennio più recente, 2010-2014, ha sviluppato i seguenti temi di ricerca: l'evoluzione della zootecnia italiana nell'ultimo ventennio al fine di individuare gli adattamenti strutturali del settore nella nuova realtà dei mercati; il mercato nazionale e comunitario delle commodities lattiero-casearie con particolare riferimentoal burro. Lo studio viene affrontato in un'ottica di filiera ed analizza la tendenza evolutiva in tutti i componenti della filiera, dall'industria di trasformazione, alla distribuzione e al consumo; l'integrazione del Sistema Informativo Nazionale della Prevenzione (SINP) attraverso la realizzazione di Banche Dati per il settore agricolo finalizzate allo studio del fenomeno infortunistico in agricoltura; evoluzione delle caratteristiche strutturali e socio-demografiche delle aziende localizzate in aree periurbane al fine di individuare i fattori che ne determinano il deterioramento e la sopravvivenza.