Gianni Fabbri ha iniziato l'attività didattica presso l'Università IUAV di Venezia nel 1965 a fianco di Carlo Aymonino, del quale fu assistente fino al 1971. In seguito divenne professore incaricato di Elementi di Composizione e, dal 1982 al novembre 2009, è stato titolare della cattedra di Progettazione Architettonica e Urbana.
Sempre per l'università veneziana ha ricoperto incarichi istituzionali, divenendo Prorettore e Presidente del Corso di Laurea in Architettura dal 1987 al 1993, nonché Direttore della Laurea magistrale dal 2007 al 2009. Fino al 2009 è stato un componente del Collegio dei Docenti del “Dottorato di ricerca in Composizione architettonica” dell'Università Iuav di Venezia, mentre dal 2010 vi partecipa in qualità di “esperto di alta qualificazione”.
Nel 1985 è stato inoltre visiting professor presso la University of Southern California.
Ha tenuto numerosi workshop di progettazione ed è stato promotore e responsabile scientifico del Master in “Progettazione di edifici per il culto”, organizzato in collaborazione tra la Facoltà di Architettura dell'Università Iuav di Venezia e la Facoltà di Ingegneria dell'Università degli Studi di Trento e svoltosi a Trento nel 2006/07.
