Michel Bonifay si è laureato nel 1982 in Storia e civiltà dell’antichità presso l’Université de Provence e nel 2003 ha terminato il corso di dottorato in Archeologia presso l’Université Paris 1 Panthéon–Sorbonne. Nel 2014 ha ottenuto l’abilitazione alla direzione delle ricerche presso l’Université Aix–Marseille.