Giancarlo Manigia è nato a La Maddalena (SS) e risiede a Milano. Laureato presso l'Università degli studi di Milano è avvocato, iscritto all'albo di Milano, cassazionista, penalista e amministrativista.
É stato parte civile in processi noti quali quello a carico dei criminali nazisti Priebke e Hass per l'eccidio delle Fosse Ardeatine e quelli a carico di militari argentini, cileni e di altri paesi dell’America Latina per i “desaparacidos” italiani. Nel 2012 è stato insignito dal Capo del Governo argentino dell’onorificenza di Cavaliere dell’ Orden de Mayo al Mérito.
Specializzato in diritto dell'ambiente, penale e amministrativo, ha collaborato con il Ministero dell'Ambiente in materia di aree protette e ha fatto parte del comitato di gestione del Parco Nazionale dell'Arcipelago di La Maddalena.