Ha studiato alla FAMU, l'accademia del cinema di Praga. Mentre stava ancora frequentando l'università ceca, Kusturica ha realizzato alcuni cortometraggi, e al suo ritorno in Jugoslavia ha lavorato come regista di show televisivi.
Nel 1981, Emir Kusturica dirige il suo primo lungometraggio, Ti ricordi di Dolly Bell?, e vince subito il Leone d'oro al Festival del cinema di Venezia. Il secondo film, Papà è in viaggio d'affari (1985), vince la Palma d'oro al Festival di Cannes, e il terzo, Il tempo dei gitani (1989), il premio per la regia, sempre a Cannes.
Il regista bosniaco comincia ad essere conosciuto anche in USA, e dopo essere stato invitato ad insegnare cinema alla Columbia University di New York, Kusturica gira il suo primo film americano, Arizona Dream (1993).
Nel 1995 Emir Kusturica realizza Underground, che è presentato a Cannes, dove vince la Palma d'oro.
Un anno e mezzo di riprese per La vita è un miracolo (in concorso a Cannes 2004), il film girato nei paesaggi di Mokra Gora e in cui la natura spettacolare è quasi protagonista assoluta. Una volta terminate le riprese, Kusturica ha fatto costruire in quei luoghi un villaggio, con il progetto di aprirvi una scuola di cinema, promuovere l'agricoltura biologia locale e di farne la sua seconda casa.
In Jugoslavia, Emir Kusturica è molto famoso anche per i suoi attacchi ai movimenti della destra ultranazionalista serba.
