Si Laurea in Scienze Agrarie nel 1985 presso l' Università degli Studi di Pisa e nello stesso anno consegue il Diploma di Licenza della Scuola Superiore Sant’Anna (SSSUP), Pisa.
Successivamente riceve il Diploma di Perfezionamento, (Scuola Superiore Sant’Anna, 1986-1987) e il Dottorato di Ricerca in Biologia Agraria (Universita' di Pisa, 1987-1990).
Nel 1987 è Ricercatore ospite presso il centro ricerche SCLAVO spa (Siena). Per tre anni è Visiting Scientist alla Nagoya University (Giappone).
È Rettore della Scuola Sant’Anna dal maggio 2013.
L’attività di ricerca di Pierdomenico Perata è svolta nell’ambito della Fisiologia delle Piante, con un approccio prevalente di biologia molecolare. Temi di studio sono la fisiologia degli stress, la interazione tra metabolismo primario e fisiologia ormonale, la sintesi di pigmenti di interesse nutraceutico.
Le sue ricerche sono pubblicate sulle più prestigiose riviste, tra cui Plant Physiology, Plant Journal, Plant Cell, Planta, Trends in Plant Science, Nature.
