Dal 2005 è professore ordinario di Malattie infettive presso l'Università degli Studi di Ferrara. Il Prof. Contini è direttore della Sezione e della Scuola di Specializzazione di Malattie infettive dell’Università di Ferrara aggregata con l'omonima scuola di Bologna. È titolare dell’insegnamento di Malattie infettive nei Corsi di laurea in Medicina e Chirurgia, Odontoiatria e protesi dentaria ed in numerose Scuole di Specialità della Facoltà di Medicina dell’Ateneo Estense. È codirettore dell'Elective Course of Medicine Graduation “Abdominal Compliance Outside Europe and North America”, F.A.M.E. COURSE 2.3 (Maastricht). Dirige l’Unità Operativa Complessa (UOC) di Malattie infettive universitarie ed il programma di Malattie infettive tropicali e del migrante nell’ambito dell’Azienda Ospedaliera-Universitaria dell'Arcispedale Sant'Anna di Ferrara.
È stato componente del comitato etico della Provincia di Ferrara dal 2010 al 2013. È vicedirettore del Dipartimento Medico Assistenziale dell’Azienda Ospedaliera-Universitaria dell'Arcispedale Sant'Anna di Ferrara. È rappresentante dei direttori universitari di strutture complesse assistenziali (UOC) della Scuola di Medicina dell'Università di Ferrara.
È stato ed è responsabile di numerosi progetti con il Ministero della Istruzione, Università e Ricerca (MIUR), progetti locali (FAR, ex-60%) e di interesse nazionale (PRIN-COFIN), Istituto Superiore di Sanità (AIDS Project), Federation of European Microbiological Societies (FEMS), programma di ricerca Regione Emilia Romagna-Università (2007-2010), progetto Giovani Ricercatori (Università di Ferrara, 2013). È responsabile di studi clinici controllati (Roche, Novartis).
È autore e coautore di oltre 300 pubblicazioni (lavori “in estenso” ed abstracts di presentazioni a congressi) riguardanti temi di malattie infettive, immunologia e microbiologia clinica pubblicate su riviste nazionali e internazionali ed ha contribuito alla stesura di trattati di malattie infettive nazionali ed internazionali.
