Colette Sirat a fondé la discipline de la paléographie hébraïque, qu’elle a enseignée à L’Ecole Pratique des Hautes Etudes, IVe section, et développée dans la section hébraïque de l’Institut de Recherche et d’Histoire des Textes (CNRS). Ses recherches portent non seulement sur la matérialité des manuscrits, mais aussi sur leur histoire et les textes qu’ils ont transmis. Parmi ses nombreuses publications, qui tiennent à l’histoire des idées et à celle des manuscrits, son La philosophie juive au Moyen Âge selon les textes manuscrits et imprimés, basée sur l’étude des manuscrits, est paru en plusieurs langues, notamment en anglais (A History of Jewish Philosophy in the Middle Ages).